Указы царя Алексея Михайловича, направленные в Кунгур в 1651 — 1653 годах, неизменно гласили: «...которые земли за татары в писчевых книгах написаны, а те земли они продали и заложили сами, и тем землям быть за кунгурцы, поэтому де они «татары» те свои земли потеряли сами продажею своею и закладом».
Башкирские и калмыцкие феодалы в колонизации Кунгурского края видели для себя угрозу и часто совершали грабительские набеги на русские поселения.
Распри по земельным владениям привели к тому, что, объединившись, уфимские, башкирские и кунгурские татары в 1662 году сожгли Кунгур.
Жители его большей частью были перебиты, лишь немногие успели спастись в лесах и пещерах по берегам Ирени и Сылвы.
Царское правительство слишком хорошо понимало значение Кунгура на Западном Урале, поэтому и не отказало кунгурякам, обратившимся с просьбой «обыскать место угожее, где крепь к крепи устроить по-прежнему, и жить им на Кунгуре по-прежнему и от башкирцев иметь великое опасение».
Согласно Грамоте царя Алексея Михайловича, вновь Кунгур был заложен 24 марта 1663 года 17 верстами ниже устья речки Кунгурки, при впадении Ирени в Сылву, на месте села Мысовское, которое уже в 1623 году имело «3 двора, пашни пахотные: худые земли — 27 четей, да перелогом 17 четей в поле».
Выбор нового места оказался удачнее первоначального: город располагался на основных водных и сухопутньгх путях, на удобной для строительства укреплений территории.
Вот как описана Кунгурская крепость в писцовых книгах за 1684 год: «...стена деревянная, рубленная в клети, с восьмью башнями, тоже деревянными, в клети рубленными, из них 2 башни с воротами, в которые в крепость въезжать, а из тех 8 башен одна Тихвинская, другая Спасская, на них иконы Спаса, да Тихвинской Божией Матери, а у Тихвинской башни часовня деревянная, в клети рубленная, в ней образы писаные и медные до 30, а близ часовни воеводский дом и приказная изба, да тюрьма, да застенок, сарай деревянный пушечный и пищальный, в нем же 9 пушек чугунных, да пищалей 11, да 8 фузей, винный подвал деревянный. А в городе церковь деревянная, рубленная в клети, во имя святой великомученицы Параскевы, нарицаемой Пятницы...»
Историк-краевед В. Шишонко в 1885 году первоначальный Кунгур описывал так: «Общая окружность города-крепости составляла 323 сажени, высота стен 3 сажени.
В центре крепости был построен кремль в виде четвероугольника с бойницами, было 8 башен: Спасская, Благовещенская, Алексеевская, Тихвинская и Преображенская, остальные три не имели названий, а первые пять, названы в честь бывших на башне икон.