В последней четверти XVII века вновь усиливается феодальное движение татаро-башкирской знати, и Кунгуру не раз угрожает опасность.
В 1676 году казанский воевода Иван Милославский посылает грамоту кунгурскому воеводе Зеленому: «Мая в 30-й день прибежал в Заимск татарин деревни Баграт Юниска Мусаев и сказал: того де числа сказывал ему уфимского уезда башкирец Арсянко: был де он, Арсянко, в вотчине своей, в степи, и видел на Кинеле-реке многих башкирских воинских людей, а идут к Закамской черте... И как к тебе ся опять придут, и ты б на Кунгуре и в Кунгурском уезде в окольных деревнях учинил наказ, чтоб жили с великим бережением, и в продчие станицы с Кунгура... посылал вестей про всяких воинских людей проповедовал всякими мерами накрепко, чтоб изменники башкирцы и иные воинские люди к Кунгуру и около Кунгура в деревни безвестно не пришли и дурна какого не учинили.., а буде придут воинские большие люди и стоять против тех воинских людей не в мочь, и всякие б ясечные люди, которые живут близко Кунгура, и они бежали в город, а иные в леса и в крепкие места в осаду».
В 1679 году Федор Алексеевич направил грамоту чердынскому воеводе Наумову с сообщением, что в деревню Арию «...приезжали к татарам башкирцы человек с десять и говори между собой, будут де они на лето приходить и воевать Кунгур и сибирские слободы весною, как снег сойдет... И как к тебе ся наша высшего государя грамота придет, и ты б велел быть от башкирцев и от татар в великом остерегательстве».
Однако нападение произошло еще до того, «как снег сошел». Кунгур был снова частично разрушен. В дальнейшем, после возведения сильных укреплений, отряды феодалов уже не решались приближаться к городу и очередные вспышки антирусской борьбы обходили Кунгур стороной.
В XVIII веке на экономическое развитие Кунгура большое влияние оказали начавшие бурно строиться горные заводы.
В 1704 году рудопромышленник Федор Молодой со своим напарником Огневым построили медный завод с одним большим и двумя малыми горнами на реке Мазуевке, в 45 верстах от Кунгура. Руду добывали на реке Бабке.
В это же время кунгурскими медными рудами заинтересовался и Никита Демидов. 14 апреля 1703 года он пишет Петру I: «...На Кунгуре есть железная руда... вели, государь, мне на Кунгуре обыскать место к железному заводу и построить железные заводы в нынешнем 1703 году» . Это челобитье Демидова было удовлетворено царем.
В 1705 году Демидов снова бьет челом Петру, сообщая, что найдена руда на Быме, Турке и Бырме, и просит разрешения строить медные заводы, обешая поставлять медь государству по низким ценам. Петр I снова удовлетворил ходатайство Демидова, и Указом от 14 мая 1705 года было «велено ему, Никите, на Кунгуре медную руду копать и опыт чинить, и заводы завесть».
